Une église primitive est mentionnée en 1099 dans le registre genevois qui demande au prieuré de St Paul de desservir Maxilly. En 1536, elle fut la seule paroisse du Pays du Gavot à tomber "sous le coup des Bernois". Elle constituait de ce fait une enclave protestante en pays catholique.
En 1794, le clocher est rasé et l'église est dépouillée d'une grande partie de son mobilier. L'église est entièrement reconstruite en 1828 dans le même style que l'ancien édifice, avec une nef unique.
On se sert des pierres de St Jacques de Montigny pour l'édifier. Lors du débordement du Coppy, en 1827, le village ne subira pas de pertes humaines. Pour remercier la Vierge de sa protection de nombreux oratoires furent édifiés dans et autour du village