L’église de Saint-Paul faisait autrefois partie d’un prieuré bénédictin fondé vers 1200 par la dame de Saint-Paul Isabelle de Bex, avec ou sans son mari Guillaume de Blonay. Bâtie au XIIIe siècle, elle a accueilli les dépouilles de cette dynastie jusqu’au XIXe siècle ! La « Maison des sœurs », du côté nord, était l’habitation des moines. Le prieuré a été supprimé en 1792.
Deux chapelles ornées de fresques gothiques subsistent. Elles ont été réalisées au milieu du XIVe siècle par un atelier de peintres originaires d’Italie du Nord.

Plus récemment, le clocher de l’église de Saint-Paul-en-Chablais a été détruit par un incendie en 1906. Il était à l’époque doté d’un bulbe, une architecture qui caractérise depuis longtemps les paysages des vallées haut-savoyardes. Longtemps, les plus ardents défenseurs du patrimoine parmi les habitants avaient envisagé une reconstruction. Grâce au travail de l’association « Un Clocher à Bulbe pour Saint-Paul » et des circonstances favorables, la commune a reconstruit le clocher en juillet 2012 !